Dans son rapport public annuel, la Cour des comptes s’est penché sur le suivi des recommandations qu’elle avait formulées en 2012 sur la gestion de Sciences Po sous le titre « Sciences Po : une remise en ordre à achever ». Le rapport constate ainsi que 18 des 19 recommandations du rapport de 2012 ont été mises en œuvre et les « irrégularités de gestion corrigées » tout en rappelant que le maintien de l’architecture duale qui « exonère Sciences Po de quelques règles en vigueur dans les établissements publics » est « source de complications et d’incertitudes déjà relevées par la Cour dans son rapport de 2012 ».
Concernant spécifiquement la rémunération du directeur de l’IEP et de l’administrateur de la FNSP (les deux fonctions étant exercées par la même personne), la Cour observe qu’elle est désormais fixée par le Conseil d’administration de la FNSP, qu’elle est publique et qu’avec 200 000 € bruts chargés, elle a été diminuée de plus de moitié (elle a culminé à 537 000€ en 2010) par rapport aux montants évoqués dans le rapport de 2012. Ces 200 000€ cumulent 130 000€ de salaire pour la direction de l’IEP – soit 23% de plus qu’un président d’université – et les 70 000€ de la FNSP. Plus largement, 58% de ses ressources sont propres aujourd’hui et les performances financières de 2014 et 2015 excédentaires (2,7 millions d’euros en 2014 et un résultat qui devrait excéder 3 millions d’euros en 2015).
Un rapport plutôt positif donc, célébré même par Sciences Po dans un communiqué intitulé « Les efforts de gestion de Sciences Po salués par la Cour des comptes », mais qui n’a pas eu l’heur de plaire à Frédéric Mion, son directeur qui considère, dans sa réponse au rapport, que « Les discordances entre l’insertion et la position adoptée par la Cour en juillet, ainsi que l’écart, dans le projet, entre certains titres et le contenu du texte, masquent au lecteur le chemin parcouru pour améliorer la gestion et satisfaire les demandes de la Cour ». Et de demander par exemple que le titre « Une remise en ordre à parachever » soit remplacé par « Une remise en ordre en voie d’achèvement » et que cet autre titre, « Une gouvernance duale encore source d’incertitudes », devienne « Une gouvernance duale réformée »… Il n’a de toute évidence pas été entendu.