Docteure en médecine, et plus précisément en physiologie et physiopathologie des appareils respiratoires et circulatoires, elle a soutenu sa thèse en 1990. Elle est professeure des universités – praticienne hospitalière (PU-PH). Elle a rejoint l’université Paris Diderot en 2002. Elle est présidente de cette université depuis 2014. Christine Clerici a été élue présidente de la toute nouvelle Université de Paris (qui regroupe Paris Diderot, Paris Descartes et l’Institut de physique du globe de Paris) par 20 voix pour et 7 votes blancs.