Les critiques pleuvent sur les présélections des Idex depuis plusieurs semaines et 21 présidents d’université ont pris la plume pour publier le 29 mai une tribune dénonçant ses modes d’attribution sous le titre Quel avenir pour l’Enseignement Supérieur et la Recherche français ? sur le site Mediapart : « La mise en concurrence accrue des universités et des territoires repose sur un postulat qui survalorise les logiques métropolitaines, la proximité géographique ou encore la taille avec pour motivation essentielle l’amélioration des scores des universités françaises dans les classements internationaux. Cela se fait au détriment de la diversité du fait urbain, de l’histoire et de la localisation des universités et de leurs rapports aux territoires ».
Or ces universités espéraient bien que les Isite et les nouveaux Idex allaient contrebalancer la première vague d’Idex dans laquelle elles n’avaient déjà pas été sélectionnées. D’où leur déception en constatant que, selon elles, « dans les regroupements, seules les fusions ont été prises en considération en omettant les autres formes instituées dont les Comue ». Les signataires appellent donc à « un débat national sur les critères effectifs d’attribution des Programmes d’Investissement d’Avenir » car « il n’est pas concevable que, face aux énormes enjeux en question et aux budgets colossaux mobilisés, des critères non affichés soient utilisés, surtout s’ils remettent en cause la politique décidée par le Parlement ».
Le même jour, venu conclure les travaux de la Conférence des présidents d’université, le commissaire général à l’investissement, Louis Schweitzer, a justement défendu la qualité des travaux du jury devant un parterre où certains, comme Pierre Sineux, président de l’université Caen-Normandie, étaient signataires du texte: « Nous n’en sommes qu’à la première étape et les choix me paraissent justifiés. Même s’ils ne sont que consultatifs selon les textes j’ai tendance à penser qu’ils s’imposent de par la qualité d’un jury qui a très largement accepté de revenir après les premiers Idex».
Louis Schweitzer en aura également douché plus d’uns en estimant que le futur probable PIA 3 (programme d’investissements d’avenir) – non encore formellement décidé et qui pourrait être doté de 10 milliards d’euros – serait « plus consacré à l’enseignement secondaire » et donc moins au supérieur. Dans le même esprit il s’interroge sur sa vocation à être essentiellement axé sur la recherche. Il a également indiqué pouvoir s’intéresser plus à la recherche en sciences humaines et sociales dans l’avenir. Il s’interroge également sur la notion même de dotations non consommables alors que les taux d’intérêt des obligations d’État sont aujourd’hui « quasi nul ».