Les données de l’Unesco en attestent : la France décroche dans l’investissement en enseignement supérieur, recherche et innovation alors que le modèle économique des universités françaises est structurellement fragilisé. La dégradation rapide des trajectoires financières – avec un déficit cumulé pouvant atteindre 2 Md€ à horizon 2030 – « menace directement la capacité des établissements à assurer leurs missions fondamentales de formation, de recherche et d’innovation dans un contexte de concurrence scientifique internationale accrue » soulignent les universités de recherche réunies au sein de l’alliance Udice qui s’inquiètent notamment du financement de la « réforme de la réforme » des études de santé. Alors qu’on attend les conclusions des Assises de financement de l’université, c’est tout un modèle de financement, de pilotage et d’autonomie qui est également interrogé par la Cour des Comptes dans plusieurs documents.
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Un décrochage français qui inquiète. Pour la première fois depuis 2021, les moyens programmés pour la mission Recherche et enseignement supérieur diminuent selon l’analyse de l’exécution budgétaire 2025 de la Cour des Comptes consacrée à la mission Recherche et enseignement supérieur. La loi de finances initiale prévoit ainsi une diminution des crédits de 3,1 % en autorisations d’engagement et de 2,3 % en crédits de paiement par rapport à 2024.
Dans ce contexte contraint, les principaux programmes portés par le ministère de l’Enseignement supérieur et de la recherche résistent plutôt mieux que les autres. Les programmes 150 et 172, qui financent universités et organismes de recherche, enregistrent même des hausses, notamment sous l’effet de la loi de programmation de la recherche (LPR). Mais cette préservation reste relative. D’autres programmes connaissent des évolutions plus défavorables. Les dépenses liées à la recherche industrielle ou économique diminuent fortement, notamment du fait de l’absence de compensation pour certaines exonérations sociales, créant « une nouvelle dette de l’État envers la sécurité sociale ». Parallèlement, le programme consacré à la vie étudiante recule sous l’effet d’une diminution du nombre d’étudiants éligibles aux bourses sur critères sociaux.
Nathalie Drach Temam, présidente d’Udice et de Sorbonne Université, entourée des présidents de l’université de Montpellier, Philippe Augé, Côte d’Azur, Jannick Brisswalter et Bordeaux, Dean Lewis
Les objectifs de la LPR s’éloignent. L’un des constats majeurs de la Cour des comptes concerne le non-respect progressif des trajectoires prévues par la loi de programmation de la recherche (LPR). Selon le rapport, « les trajectoires budgétaires inscrites dans la LPR ne sont plus respectées », notamment pour les programmes relatifs aux universités, à la recherche scientifique et à la politique spatiale.
Certaines dépenses stratégiques nécessitent une vigilance particulière. C’est notamment le cas du financement du démantèlement des installations nucléaires ou des engagements internationaux de la France auprès d’organisations comme l’Agence spatiale européenne. Ces obligations, souvent pluriannuelles, rendent les économies budgétaires difficiles à mettre en œuvre.
Autre point d’alerte : les restes à payer de l’Agence nationale de la recherche (ANR), qui augmentent fortement, posant des questions de soutenabilité financière à moyen terme.
L’analyse de la situation financière des universités révèle en résumé une tendance préoccupante. Les capacités d’autofinancement diminuent et les marges financières se réduisent, sous l’effet combiné de l’augmentation des dépenses de personnel et des coûts énergétiques. Selon la Cour, les résultats comptables des opérateurs « sont orientés à la baisse, traduisant de moindres marges de manœuvre financière ».
Des déficits appelés à se creuser. La tension financière est aggravée par des mesures décidées par l’État mais seulement partiellement compensées. Les universités doivent ainsi financer des dépenses nouvelles sans disposer de recettes pérennes correspondantes. Cette mécanique pèse directement sur leurs budgets. Le compte d’affectation spéciale pensions représente une part importante de la masse salariale. « Si cette charge était retraitée différemment dans les comparaisons internationales, la position française apparaîtrait encore plus défavorable », relève Nathalie Drach Temam, présidente d’Udice et de Sorbonne Université.
Les chiffres dessinent une trajectoire préoccupante. Les universités françaises afficheraient un déficit cumulé d’environ 300 millions d’euros en 2025, qui pourrait atteindre 1 milliard d’euros en 2027 et 1,8 milliard d’euros en 2030, sur un budget global d’environ 15 milliards d’euros. Pour les présidents d’université d’Udice, cette dynamique traduit un risque systémique. « Il y a un moment où on ne pourrait plus être financé si on n’a pas un changement de modèle de financement », alerte Jannick Brisswalter, président de l’université Côté d’Azur. Un sujet qui dépasse la seule gestion annuelle : « Il touche à la souveraineté scientifique, à la compétitivité et à la capacité du pays à préparer les dix ou vingt prochaines années ».
Au-delà du niveau de financement, les universités dénoncent l’instabilité de l’information budgétaire. « Depuis plusieurs années, nous devons intégrer chaque année de nouvelles mesures qui viennent grever nos budgets, sans visibilité pluriannuelle suffisante », regrette Nathalie Drach Temam. Une incertitude qui rend difficile la conduite de projets stratégiques : « Mener une université, mener des projets, faire des investissements quand on est incapable de se projeter d’une année sur l’autre, c’est extrêmement difficile. Nous ne pouvons plus bâtir une stratégie à cinq ou dix ans ».
Une trésorerie moins disponible qu’il n’y paraît. La trésorerie globale des universités se stabilise puis amorce une baisse à partir de 2025, signalant un « affaiblissement progressif de la solidité financière du secteur » souligne encore la Cour des Comptes dans une enquête qu’elle vient de mener sur les trésoreries de 63 universités et huit établissements publics de recherche. Les universités et les établissements publics de recherche disposaient ainsi début 2025 d’une trésorerie d’environ 6,8 Md€, qui a connu une hausse massive ces cinq dernières années (+ 2,5 Md€), principalement sous l’effet des avances et acomptes reçus dans le cadre de différents dispositifs de financement.
Un paradoxe à l’heure où le financement des universités fait débat ? Non car la majeure partie de cette trésorerie est déjà engagée ou affectée car elle correspond à « des subventions fléchées sur des projets de recherche, des programmes d’équipement ou des opérations immobilières, qui ne peuvent pas être utilisées librement » souligne la Cour des Comptes. Ainsi, une part plus ou moins importante de la trésorerie des établissements ne « reflète pas nécessairement leur capacité. réelle à financer des projets sur fonds propres ou à faire face à des dépenses imprévues (déficit, hausse de charges, etc.). » De plus la trésorerie « libre d’emploi » correspond à la part de liquidités non affectée, s’est réduite relativement : sur le panel de 71 établissements dont la situation a été examinée dans le cadre de l’enquête, la Cour estime sa part à 5 % de la trésorerie globale.
Pour résoudre ce paradoxe la Cour propose que, pour les établissements « disposant d’un niveau de trésorerie élevé et d’un pilotage financier solide », soit élaborée une doctrine de « gestion dynamique » de la trésorerie « permettant d’utiliser une part de la trésorerie fléchée pour amorcer le financement d’activités permettant de générer des ressources propres ». Une « gestion dynamique de la trésorerie » jugée intéressante en théorie mais « difficile à mettre en œuvre dans le cadre actuel de la comptabilité publique » souligne Dean Lewis, qui explique que « les universités souhaiteraient pouvoir utiliser temporairement certaines réserves pour financer des opérations vertueuses, par exemple la rénovation énergétique d’un bâtiment, puis reconstituer la trésorerie grâce aux économies réalisées. Mais les règles actuelles restent jugées trop rigides ».
Par ailleurs la Cour constate que le pilotage de la trésorerie est « contraint par l’inadaptation des outils de gestion et le défaut de fiabilité des données financières ». À la faiblesse des outils s’ajoute une gestion pluriannuelle encore « peu structurée ». Les universités et les organismes de recherche doivent en effet suivre des projets « majoritairement longs et complexes, mobilisant parfois plusieurs sources de financement, des consortiums regroupant de nombreux intervenants et pouvant associer plusieurs unités de recherche au sein du même établissement ».
Autonomie : un principe réaffirmé, une pratique contestée. Les universités réunies dans Udice estiment que les établissements sont appelés à définir leur signature scientifique, leur stratégie et leurs axes de différenciation, tout en étant soumis à un pilotage de plus en plus détaillé. Le déploiement des contrats d’objectifs, de moyens et de performance est ainsi observé avec vigilance. L’idée n’est pas rejetée en soi : partager des priorités, fixer des indicateurs et rendre compte est jugé légitime. Mais les présidents redoutent une dérive vers le « micro-management ». L’exemple d’un tableau de 200 indicateurs proposé à l’université de Bordeaux est cité comme le symptôme d’une logique de contrôle excessive.
La critique porte moins sur le dialogue avec les rectorats que sur le risque de réduire l’autonomie à une liste d’actions prescrites. « On peut être autonome, responsable, donner des missions de service public, rendre compte, mais sans pour autant avoir du micro-management », résume Dean Lewis, président de l’université de Bordeaux.
Attractivité internationale et alliances européennes. Les difficultés financières et le manque de visibilité sont aussi présentés comme des freins à l’attractivité internationale. Accueillir des étudiants, doctorants et chercheurs étrangers suppose des moyens, des infrastructures et une capacité à construire des partenariats durables.
Les universités insistent également sur l’importance de leur engagement européen, notamment dans les alliances universitaires et les discussions autour d’Horizon Europe. Mais elles regrettent l’absence d’un portage national suffisamment clair. « On n’a pas forcément une vision très claire du portage français de ces sujets-là », note Philippe Augé, président de l’université de Montpellier.
Les chaires de professeur junior en question. Le dispositif des chaires de professeur junior, destiné à renforcer l’attractivité académique, suscite lui aussi des interrogations dans les universités d’Udice. Si elles ne contestent pas l’intérêt de l’outil, elles s’inquiètent de son encadrement budgétaire et de sa soutenabilité à long terme.
Le principal point d’alerte concerne le financement après six ans. Les universités disent ne pas savoir précisément ce qui se passe une fois la personne titularisée. Là encore, la critique rejoint celle du manque de pluri annualité : les universités estiment qu’un tel dispositif doit être pensé sur le moyen et long terme, et non dans une logique annuelle.
Cette dynamique suppose toutefois que les « CPJ puissent s’inscrire dans un schéma global d’emplois neutre pour les établissements » insistent les universités d’Udice pour lesquelles les universités ne « peuvent soutenir durablement ce dispositif si chaque création de CPJ conduit mécaniquement à la suppression ou au non-remplacement d’un emploi d’enseignant-chercheur titulaire ». Les CPJ ne doivent donc pas devenir un « mécanisme de substitution aux emplois pérennes nécessaires au fonctionnement des universités de recherche » conclut Udice. Et c’est justement ce que demande la Dgesip dans une circulaire qui précise que « toute CPJ qui sera pourvue dans l’année civile devra être gagée par le non-remplacement d’un départ d’enseignant-chercheur intervenant au cours de l’année 2026 »…
La réforme des études de santé, entre soutien de principe et alerte sur les moyens. La réforme de la première année des études de santé est un problème majeur. Si les universités membres d’Udice – qui réunissent 70% des étudiants en santé – se disent plutôt favorables à une évolution du système actuel tel que l’a défini le MESRE, sa mise en œuvre soulève de fortes inquiétudes. « Sans moyens supplémentaires importants, nous devrons réduire très fortement nos capacités d’accueil, peut-être une division par deux des effectifs en première année. Si on voulait mettre en œuvre la réforme sans réduire les effectifs, il faudrait embaucher 60% d’enseignants-chercheurs en plus dans les filières concernées », alerte Nathalie Drach-Temam.
Le sujet est jugé d’autant plus sensible qu’il engage directement l’accès des bacheliers aux études de santé. Les universités d’Udice demandent donc que soient réalisées des études d’impact, des projections et une clarification politique avant toute mise en œuvre effective de cette réforme quasi unanimement décriée.
- Les universités membres de l’alliance Udice (Aix-Marseille Université, Institut Polytechnique de Paris, Sorbonne Université, Université Bordeaux, Claude Bernard Lyon 1, Côte d’Azur, Grenoble Alpes, Lorraine, Montpellier, Paris Cité, Paris-Saclay, Université PSL, Strasbourg) accueillent 626 000 étudiants, soir plus de 38 % des étudiants inscrits à l’université en France et 58 % des étudiants sont formés en santé, sciences, technologies et ingénierie concentrant plus de 70 % des effectifs étudiants des filières de santé. Cette dynamique repose sur près de 75 000 personnels, dont 36 000 enseignants-chercheurs et chercheurs, engagés dans la formation par la recherche. L’alliance accueille 28 000 doctorants, représentant près de 54 % de l’ensemble des doctorants en France.
LOI DE REGULATION : LES UNIVERSITES S’INQUIETENT DU ROLE DES JURYS RECTORAUX
Lors des débats en cours au Parlement sur la régulation du privé et les diplômes nationaux, une « ligne rouge pourrait être franchie » s’inquiète Dean Lewis en référence à un article de la loi qui prévoit que « Si, au 1er septembre de l’année universitaire précédant le début de la formation, aucun accord n’a été conclu sur le point mentionné au I par un établissement titulaire de l’agrément mentionné à l’article L. 732-5, le recteur de région académique chancelier peut arrêter à cette date les conditions dans lesquelles sont contrôlées les connaissances et aptitudes des étudiants qui y suivent une formation conduisant à un diplôme national, après une évaluation de cette formation par le Haut conseil de l’évaluation de la recherche et de l’enseignement supérieur et en prenant en compte la carte territoriale des formations. Tous les établissements agrées seraient donc en mesure de faire cette demande.»
Selon Sean Lewis le débat parlementaire pourrait ainsi « ouvrir la voie à une extension significative des possibilités offertes aux établissements privés pour accéder à la délivrance de diplômes nationaux, au-delà des dérogations historiques aujourd’hui très limitées ». Au-delà d’un ajustement juridique, c’est un principe structurant de notre enseignement supérieur qui semble « fragilisé : le rôle central de l’Université publique dans la délivrance des diplômes nationaux, fondement historique de la cohérence, de la lisibilité et de la qualité du système français ».
