La France a consacré près de 19 milliards d’euros à la recherche partenariale entre 2014 et 2024. Mais cette montée en puissance des aides publiques ne s’est pas encore traduite par une progression significative de l’effort privé de recherche. Dans un rapport publié en juillet 2026, la Cour des comptes appelle l’État à concentrer ses soutiens sur quelques priorités nationales, à simplifier un système devenu complexe et à mieux reconnaître l’engagement des chercheurs auprès des entreprises.
Un effort de recherche toujours insuffisant. En 2024, la France a consacré 61,5 milliards d’euros à la recherche et au développement, soit 2,2 % de son produit intérieur brut. Les entreprises ont assuré 66 % de cet effort, avec 40,6 milliards d’euros de dépenses, contre 20,9 milliards pour les administrations publiques.
Le pays reste pourtant éloigné de l’objectif fixé par la loi de programmation de la recherche : porter les dépenses de R&D à 3 % du PIB en 2030, dont 1 % de dépenses publiques et 2 % de dépenses privées. La dépense intérieure de recherche et développement des entreprises demeure inférieure à celle des principaux concurrents de la France et « stagne depuis 25 ans ».
Cette faiblesse s’explique en partie par la désindustrialisation, mais aussi, selon la Cour, par l’efficacité insuffisante des politiques destinées à stimuler l’innovation. Le coût des facteurs de production, l’instabilité normative, la faiblesse du capital-investissement et le manque de liens entre les milieux académique et économique pèsent également sur la compétitivité française.
Les coopérations entre laboratoires et entreprises peuvent pourtant jouer un rôle décisif. Elles permettent aux entreprises de partager les risques et les coûts de la recherche et d’accéder à des équipes scientifiques de haut niveau. Pour les acteurs publics, elles offrent des débouchés aux travaux académiques, élargissent les thématiques étudiées, renforcent l’attractivité des laboratoires et apportent des ressources supplémentaires.
L’enjeu consiste ainsi à mieux connecter « ceux qui produisent le savoir et ceux qui innovent », sans opposer recherche fondamentale et applications économiques.
Des aides publiques en forte progression. Depuis les années 1980, l’État a multiplié les initiatives pour rapprocher recherche publique et entreprises : conventions industrielles de formation par la recherche, loi Allègre, crédit d’impôt recherche, pôles de compétitivité, appels à projets de l’Agence nationale de la recherche ou instituts Carnot.
Un changement d’échelle s’est produit dans les années 2010 avec les programmes d’investissements d’avenir, puis avec France 2030 à partir de 2021. Entre 2014 et 2024, près de 19 milliards d’euros de financements directs ont été consacrés à la recherche partenariale, soit 1,7 milliard par an en moyenne. Les aides ont atteint un sommet de 3 milliards d’euros en 2024.
Ces montants s’ajoutent aux dispositifs fiscaux soutenant la recherche privée. Le crédit d’impôt recherche devrait ainsi dépasser 8 milliards d’euros en 2025.
Malgré ces moyens, les partenariats restent relativement peu développés. Ils ne concernent qu’entre 15 % et 20 % des entreprises se déclarant innovantes. Les financements versés par des sociétés privées à des opérations de R&D conduites par des acteurs publics représentent environ un milliard d’euros par an.
Des résultats encourageants à petite échelle. L’étude des données du crédit d’impôt recherche entre 2015 et 2021 montre une corrélation entre l’externalisation d’une partie des dépenses de R&D et l’augmentation des dépenses de recherche réalisées en interne par les entreprises.
Cet effet est particulièrement visible pour les entreprises de taille intermédiaire et les microentreprises. Il apparaît beaucoup plus faible pour les PME. Une incidence positive est également constatée sur l’emploi des ETI, mais elle reste marginale dans les microentreprises et les petites et moyennes entreprises.
Les partenariats semblent donc produire des effets favorables pour certaines catégories d’entreprises. Ils leur permettent de renforcer leurs compétences, d’accéder à de nouvelles technologies et de développer leur propre capacité d’innovation.
À l’échelle nationale, le bilan est toutefois beaucoup moins favorable. La progression des aides publiques n’a pas entraîné d’augmentation perceptible de la dépense privée de recherche rapportée au PIB. Le nombre de nouveaux contrats de recherche signés chaque année tend également à stagner.
La Cour juge donc les résultats « mitigés, sinon décevants au regard des moyens mobilisés ».
Un paysage devenu difficilement lisible. Laboratoires et entreprises peuvent aujourd’hui solliciter de nombreux financeurs : Agence nationale de la recherche, Bpifrance, Ademe, Union européenne ou collectivités régionales. Ils disposent aussi des conventions CIFRE, d’avantages fiscaux et de programmes sectoriels issus de France 2030.
À ces financements s’ajoute une grande diversité de structures : instituts Carnot, instituts de recherche technologique, instituts pour la transition énergétique, pôles de compétitivité, pôles universitaires d’innovation, centres techniques industriels, plateformes technologiques, instituts hospitalo-universitaires ou bioclusters.
Cette variété permet de couvrir l’ensemble du processus d’innovation, depuis la recherche fondamentale jusqu’aux projets proches du marché. Elle a toutefois produit un système difficile à piloter, marqué par un « empilement organisationnel, en mutation permanente et facteur de coûts de coordination ».
L’animation et la gestion de ces dispositifs mobilisaient au moins 230 millions d’euros en 2024. Ces moyens financent notamment des chargés d’affaires, des ingénieurs de transfert, des personnels de détection des innovations et des équipes administratives.
La densification du réseau ne garantit pas pour autant une qualité de service homogène. Selon la Cour, chercheurs, ingénieurs et entreprises ne disposent pas partout du même accompagnement ni d’un interlocuteur clairement identifiable.
Concentrer les crédits sur quelques priorités. Dans son rapport la Cour des Comptes recommande d’élaborer un plan national de développement de la recherche partenariale. Celui-ci devrait être négocié entre les pouvoirs publics, les établissements de recherche et les acteurs économiques, puis décliné secteur par secteur.
L’objectif serait de mettre fin à la juxtaposition des dispositifs et de concentrer les financements dirigés sur un nombre limité de priorités stratégiques. Les programmes cofinancés par les entreprises devraient être privilégiés afin de renforcer l’effet de levier des dépenses publiques.
Le rapport insiste toutefois sur la nécessité de préserver la recherche fondamentale. Les financements ne doivent pas être réduits à « la satisfaction des préoccupations immédiates des entreprises ». La capacité d’innovation repose au contraire sur l’articulation entre une recherche fondamentale de haut niveau, des appels à projets compétitifs et des investissements ciblés.
La Cour propose aussi de revoir certains appels à projets pour augmenter leur taux de réussite et diversifier les modes de financement. Des mécanismes plus adaptés aux projets risqués pourraient notamment favoriser l’innovation de rupture.
Mieux recourir aux financements européens. Pour certains secteurs et certains projets, les porteurs devraient être tenus de candidater aux financements européens avant de pouvoir solliciter des ressources nationales.
Cette mesure permettrait de mieux mobiliser les crédits disponibles à l’échelle de l’Union européenne et d’éviter que les financements français ne se substituent à des fonds européens accessibles. Elle pourrait également renforcer l’intégration des équipes françaises dans les réseaux scientifiques et industriels européens.
Le rapport préconise en parallèle un plan de développement du doctorat en entreprise. Il s’agirait d’encourager davantage d’étudiants à préparer un doctorat en lien avec une entreprise et d’inciter les employeurs à recruter des doctorants et des docteurs. Les conventions CIFRE constituent déjà un outil reconnu de rapprochement entre les deux univers, mais le doctorat reste encore insuffisamment valorisé dans une partie du tissu économique.
Pérenniser les coopérations locales. Mis en place à partir de 2024, les pôles universitaires d’innovation doivent rapprocher les établissements d’enseignement supérieur, les organismes de recherche, les structures de transfert et les acteurs économiques d’un même territoire. Leur financement doit toutefois prendre fin en 2027. Cette échéance représente un risque pour les coopérations engagées, mais aussi une occasion de revoir leur fonctionnement.
La Cour recommande de préserver la logique partenariale des PUI, tout en exigeant de chacun d’eux un plan d’amélioration durable du service rendu. Des mutualisations pourraient être organisées afin de réduire les doublons et de proposer aux chercheurs comme aux entreprises un accompagnement plus simple et plus complet. Les réformes devraient être guidées moins par les équilibres institutionnels que par « la qualité et la complétude du service rendu ».
Évaluer l’impact plutôt que le nombre de dispositifs. Le rapport pointe également les insuffisances de l’évaluation. Les dispositifs s’accumulent sans que leur efficacité soit toujours mesurée, ce qui alimente une « sédimentation » des politiques publiques.
La Cour propose donc de recentrer l’évaluation sur trois objectifs : accroître l’effet de levier des aides sur la R&D privée, renforcer leur impact sur l’économie et l’innovation et améliorer la qualité du service apporté aux chercheurs et aux entreprises.
Cette approche supposerait de suivre les investissements supplémentaires réellement déclenchés, les innovations produites, les emplois créés, les collaborations durables et la satisfaction des utilisateurs. Elle devrait aussi permettre de supprimer ou de transformer les programmes dont les résultats restent insuffisants.
Mieux reconnaître l’engagement des chercheurs. Le développement de la recherche partenariale se heurte enfin aux règles de carrière et de rémunération des chercheurs publics. Leur participation à des projets d’innovation ou de valorisation est encore peu prise en compte dans les procédures d’avancement, alors que ces activités font partie des missions de la recherche publique.
Les mobilités vers les entreprises sont rarement encouragées. Le retour dans le secteur public est également peu organisé pour tirer parti de l’expérience acquise dans le privé. Les rémunérations intègrent rarement l’implication dans des partenariats industriels.
Ces contraintes entretiennent l’hypothèse d’une « réticence culturelle » de la recherche publique à l’égard du monde économique. La Cour estime que cette réserve ne doit être ni ignorée ni « surestimée » : les obstacles tiennent aussi à des règles administratives et à des mécanismes d’incitation inadaptés. Elle recommande d’inscrire dans les codes de la recherche et de l’éducation l’obligation de prendre en compte les activités de valorisation et d’innovation dans l’évaluation des chercheurs et enseignants-chercheurs.
Les universités, écoles et organismes de recherche pourraient également conclure des accords d’intéressement tenant compte des résultats obtenus en matière de recherche partenariale. Les prestations de conseil devraient enfin être facilitées, notamment grâce au recours au contrat à durée déterminée d’usage, tout en maintenant un contrôle déontologique effectif.
